No final de novembro a expedição entra no rio Urubu e Favela ordena o desembarque de uma parte de sua tropa …
… Sem nenhuma contemplação, sem perguntar quem era amigo ou inimigo, Pedro da Costa Favela perpetra o primeiro de uma série de massacres que irão ocorrer no rio Urubu. Reduziu a cinzas mais de trezentas aldeias, assassinou setecentos índios, incluindo velhos, mulheres e crianças, além de ter escravizado quatrocentos homens e mulheres. Cinco anos depois do massacre, Pedro da Costa Favela regressa ao rio Urubu, comandando uma tropa de resgate. Fundou, então, o primeiro povoado português da região, que ficou sob os cuidados de frei Teodósio da Veiga, da Ordem das Mercês. O povoado recebeu o nome de Santo Élias do Jaú, mais tarde Santo Elias do Airão, hoje uma cidade fantasma.
Em 1669, para garantir um ponto de partida da penetração portuguesa em direção ao norte e impedir a passagem de navios holandeses que desciam do Orenoco para comerciar com os omágua, o capitão Francisco da Mota Falcão foi nomeado para a importante tarefa de fortificar a boca do rio Negro. Escolheu o outeiro, entre dois igarapés, situado três léguas acima da confluência do rio Negro com o Solimões e levantou, auxiliado por seu filho Manoel da Mota Siqueira, engenheiro de fortificações, um reduto de pedra e barro, de forma quadrangular. Era uma obra simples e rápida, que levou o nome de fortaleza de São José do Rio Negro, recebendo quatro peças de artilharia e uma guarnição de poucos praças, sob o comando do capitão Angélico de Barros. Frei Teodoro foi o responsável pelo aldeamento dos índios tarumá, passe e baniwa na boca do rio Negro, dando origem ao povoado chamado de Lugar da Barra, que no futuro seria a cidade de Manaus. Sendo o rio Negro uma das áreas mais densamente povoadas naquela época, a população indígena ia se tornar logo uma das maiores fontes de mão-de-obra para o colonizador. O braço indígena era largamente utilizado na exploração de produtos naturais – as drogas do sertão, o que prejudicava, naturalmente, suas milenares atividades agrícolas de sustentação. Assim, a mão de obra caboca, que vai aparecer quase simultaneamente com a independência, foi fruto dessa aculturação tão insistentemente forçada pelos portugueses durante duzentos anos. No final, o surgimento do caboco é a prova do sucesso da colonização, e sua história é o retrato de como os europeus submeteram os pouco cooperativos indígenas da Amazônia, em contraste com os mais facilmente adaptáveis indígenas do México e do Peru. De fato, a confluência do Negro com o Amazonas era uma região densamente povoada, e por povos culturalmente bastante avançados. De acordo com o padre João Daniel, até 1750 foram escravizados três milhões de índios apenas do rio Negro.
“Insuficiente dizer – escreveu João Daniel que alguns indivíduos tinham mais de mil índios e outros tinham tantos que sequer sabiam os nomes de cada um deles.”
A resposta dos índios à invasão portuguesa’ foi exemplar. Após esmagarem os Muhra e Munduruku, em 1720 os portugueses começam a ouvir falar do tuxáua Ajuricaba, a maior personalidade indígena da história da Amazônia. No começo, ele não hostilizou os portugueses. Como aruaque Ajuricaba exerceu em mais alto grau um dos talentos de sua cultura: a arte da diplomacia. Rapidamente ele foi unindo as diversas tribos sob uma confederação tribal, o qual não era uma tarefa fácil. A estrutura social das tribos da Amazônia, por uma opção histórica, rechaçava qualquer tipo de poder centraliza dor.
Daí a pulverização dos povos indígenas, que os fez presa fácil para os invasores europeus. Mas Ajuricaba logrou unir as mais de trinta nações do vale do rio Negro, em cerca de quatro anos de trabalho de persuasão. E resistiu por oito anos.
